A historia começa em uma cidade do interior, chamada Resenbool, onde vivem os irmãos Edward Elric e Alphonse Elric, filhos de Von Hohenheim (Von Hohenheim no mangá ou Hohenheim da Luz no anime) e de Trisha Elric.
Quando eram pequenos, foram misteriosamente abandonados pelo pai. Logo depois, Trisha ficou doente e morreu. Desde então, Edward, o irmão mais velho, passou a culpar o próprio pai pela morte da mãe. Arrasados com a morte de quem tanto amavam, tentam revivê-la, utilizando uma técnica proibida da qual tomaram conhecimento lendo um dos livros que Hohenheim Elric havia deixado em casa, sobre Alquimia. Diz a Alquimia que pode se conseguir qualquer coisa, desde que se pague o que se deseja tanto com um valor equivalente. É a lei máxima da Alquimia, a "Lei da Troca Equivalente". Transmuta-se um objeto reorganizando e recombinando seus átomos. Como um corpo humano é composto por diversos elementos químicos, em teoria, pode-se criá-lo misturando os elementos certos e em suas devidas proporções